Ο Χαράρι είναι ομοφυλόφιλος και το 2002 παντρεύτηκε στο Τορόντο του Καναδά με τον σύζυγο του Ιτζίκ, ο οποίος επίσης διατελεί καθήκοντα ατζέντη του. Η μόνιμη του διαμονή είναι στον αγροσυνεταιριστικό οικισμό Μεσιλάτ Ζιόν κοντά στην Ιεσρουσαλήμ
Είναι επίσης ενεργά φιλόζωος και ως συνέπεια έχει επιλέξει την μη κατανάλωση κρέατος ακολουθώντας αυστηρή χορτοφαγία. Σε άρθρο του 2015 στην βρετανική εφημερίδα Guardian χαρακτήρισε την βιομηχανικού τύπου κτηνοτροφία ως ένα από τα χειρότερα εγκλήματα στην ανθρώπινη ιστορία, και την μεταχείριση των ζώων στις εγκαταστάσεις αυτές ως ένα από τα πιο σημαντικά ηθικά ερωτήματα της εποχής. Εξασκεί επίσης τον βoυδιστικό διαλογισμό Βιπασσάνα.
Πατώντας εδώ θα σας εμφανιστεί η συνέντευξη που παραχώρησε στον Ηλία Μαγκλίνη και δημοσιεύτηκε στην Καθημερινή στις 3.12 με τον τίτλο "Η εποχή που θα χακάρουν ανθρώπους"
Κι εδώ θα σας εμφανιστεί σε βίντεο (1:00:09) μία συζήτηση του Χαράρι με τον δημοσιογράφο Κρις Άντερσον, με θέμα "Εθνικισμός εναντίον παγκοσμιοποίησης, ο νέος διχασμός στην πολιτική" που διεξήχθει τον Φεβρουάριο του 2017.

Όσοι φίλοι, γνωστοί και συγγενείς διάβασαν έστω και ένα από τα τρία βιβλία του